در تاریخ ۱۵ آذر سال ۱۳۹۷، اعضای مؤسسه بهائی‌پژوهی افتخار داشتند تا میهمان مرجع عالی‌قدر جهان تشیع، آیتالله العظمی صافی گلپایگانی باشند. در این دیدار، مدیران و دست‌اندرکاران بهائی‌پژوهی ضمن تقدیم نسخه‌ای از تولیدات مکتوب خود به معظم له، گزارشی از فعالیت‌های اخیر خود را ارائه کردند. شرکت در نمایشگاه‌های کتاب و مطبوعات و نقد و بررسی علمی بهائی‌گری توسط مؤسسه‌ی بهائی‌پژوهی، از مسائلی بود که موردتوجه و تأیید ایشان قرار گرفت. در این دیدار آیتالله العظمی صافی گلپایگانی ضمن بیان تذکراتی درباره‌ی مواجهه با بهائیت، ضمن پرهیز دادن از بزرگ‌نمایی آن در جامعه، به لزوم رصد و پاسخ‌گویی دقیق و علمی به شبهات آن در قبال جامعه‌ی اسلامی تأکید کردند. ایشان با بیان اینکه جعل و تحریف روایات اسلامی و سوءبرداشت و سوءاستفاده از آیات قرآن کریم و روایات اهل‌بیت علیهم‌السلام بدون توجه به موازین علمی از ابتدا در دستور کار مبلغان و رهبران این فرقه قرار داشته است، دست‌اندرکاران بهائی‌پژوهی را به توجه زیاد نسبت به این موضوع و دقت و واکاوی در این شیوه‌ی تبلیغی بهائیت توصیه نمودند.
در دیدار با این فقیه عالی‌قدر، ایشان خاطراتی از شیوه‌های تبلیغی پنهان بهائیت در ایام صباوت و نوجوانی جناب ایشان در گلپایگان بیان فرمودند که از مهم‌ترین آن‌ها، امام جماعت شدن یکی از نزدیکان میرزا ابوالفضل گلپایگانی بهائی، به نام شیخ جعفر در یکی از مساجد شهر بود. او که بهائی شده بود، در لوای امام جماعت، ضمن انجام مناسک اسلامی، سعی بلیغی در القاء شبهه در میان مسلمانان داشت. هنگامی‌که رابطه‌ی او با ابوالفضل گلپایگانی کشف شد و معلوم شد که بهائی شده است، مردم او را از خود راندند و از مسجد بیرون کردند. جالب اینجاست که براثر رفتار روشنگرانه و محکم متدینان گلپایگان، به سرپرستی جناب والد ایشان، هیچیک از اهالی بهائی نشده و کل مردم شهر، یکصدا از این شیوه‌های سخیف تبلیغی اعلام انزجار کردند.
آیتالله العظمی صافی گلپایگانی در این دیدار، ضمن آنکه افشاگری خدعه‌های بهائیان را «جهاد فی سبیلالله» خواندند، زحمات انجام‌شده در این مؤسسه درجهت روشنگری درمورد بهائیت و اصالت مهدویت را تأیید و نیازمند استمرار دانستند.
ایشان همچنین، ضمن اشاره به اهمیت موضوع بازگشتگان از بهائیت، احیاء کتاب‌های این افراد، همچون عبدالحسین آیتی، صبحی و نیکو را خواستار شدند و بر پیگیری مرمت و بازسازی قبور این افراد برای زنده نگه داشتن یادشان در جامعه تأکید کردند. معظم‌له همچنین در بخش دیگری از سخنانشان به ضرورت حمایت فکری و مالی از بهائیان مسلمان‌شده تأکید کردند.
